Dès le premier IBM PC, IBM proposa sa version à lui du MS-DOS de Microsoft. Outre le code qui était commun aux deux OS « frères », IBM appliquait sa patte partout, pour personnaliser le produit, que ce soit au niveau des fichiers systèmes io.sys et msdos.sys étant renommés ibmio.com et ibmdos.com.
Sans oublier l’éditeur de Microsoft remplacé par un autre développé par IBM ayant le court nom de « E ». Ou encore quelques renommage d’outils, comme le défragmenteur du MS-DOS devenant le défragmenteur d’IBM DOS.
La plupart du temps – sauf avec la sortie de MS-DOS 6.0 – IBM s’alignait avec un PC-DOS ayant la même numérotation. Seule la dernière génération de PC-DOS, la 7.x/2000 a été développée seulement par IBM. En 1998, PC-DOS 2000 sort. C’est une version corrigée du PC-DOS 7.x avec le support de l’an 2000 pour les ordinateurs tournant encore sous DOS à l’époque.
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